Ich habe das gleiche Problem mit einem MacBook Late 2008, der noch nie was von USB 3 gehört hat und leider auch kein Bluetooth 4.0 LE kann, mithin bei mir ebenfalls auf USB angewiesen ist.
Ich habe allerdings herausgefunden, wie ich das Problem mit dem cyperJack Wave umschiffen kann. Möglicherweise gibt das Vorgehen den Entwicklern auch einen Hinweis, wo das Problem liegt. Folgendes Vorgehen hilft:
1) Vor dem Abziehen des Kartenlesers diesen immer mit dem On/Off Knopf auf der Rückseite ausschalten.
2) Die Chipkarte erst entfernen, wenn das Indikatorfeld für die Chipkarte rechts oben von gelb auf grün gewechselt ist.
3) Falls das Problem doch einmal auftritt, weil man das Ausschalten vor dem Abziehen des USB Steckers vergessen hat, hilft es, den Chipkartenleser durch langes Drücken auf den On/Off Knopf auszuschalten und anschließend wieder einzuschalten.
Ich habe das Vorgehen jetzt einige Wochen lang getestet und musste keinen Neustart mehr durchführen.